Desa Tanjung Raja terbentuk berdasarkan cerita dari para sesepuh masyarakat tembelang Desa Karang Raja. Menurut cerita nenek moyang dari zaman dahulu kala, sekitar ± 600 tahun yang lalu, beberapa anak cucu puyang Rasekadim yang berasal dari dusun Tanjung Enim membangun sebuah perkampungan di tepi Sungai Enim sebagai tempat mencari penghidupan. Perkampungan ini terletak secara sejajar dengan sungai, tanpa adanya tikungan atau belahan. Perkampungan ini kemudian diberi nama Hantau Panjang oleh anak cucu puyang tersebut.

Di bagian hilir dusun Hantau Panjang, terdapat sebuah perkampungan di seberang Sungai Enim yang dipimpin oleh puyang Sesapah, dengan nama dusun penantian. Setelah masa penjajahan Belanda, dusun penantian dipindahkan dan berganti nama menjadi dusun Karang Endah karena wilayahnya masuk dalam Marga Tembelang Karang Raja. Akhirnya, dusun Hantau Panjang mengubah namanya menjadi dusun Tanjung Raja, dan nama ini tetap digunakan hingga saat ini sebagai nama Desa Tanjung Raja.

Seiring dengan diberlakukannya Undang-Undang No. 5 tahun 1979 tentang Pemerintahan Desa dan penghapusan pemerintahan marga pada tahun 1982/1983, terjadi perubahan nama dusun Karang Endah menjadi Desa Karang Endah, dan dusun Tanjung Raja menjadi Desa Tanjung Raja.

Berdasarkan UU tersebut, desa yang tidak memenuhi syarat sebagai desa mandiri, terutama dalam hal luas wilayah dan jumlah penduduk, akan digabungkan dengan desa lain. Pada tahun 1992, Desa Karang Endah digabungkan ke dalam Desa Tanjung Raja. Sejak tahun itu, Desa Karang Endah berubah status menjadi dusun di Desa Tanjung Raja.

Sebelum menjadi desa, pemerintahan Desa Tanjung Raja dan dusun Karang Endah berada di bawah pemerintahan Marga Tembelang Karang Raja yang dipimpin oleh seorang Pesirah atau Depati. Sementara itu, dusun Tanjung Raja dipimpin oleh seorang Kerio dan dibantu oleh beberapa kepala Kemit yang dijabat oleh seorang Penggawa, yang saat ini dikenal dengan sebutan kadus.